当前，高校根据国家政策要求正在建设全方位、全过程、全覆盖的预算绩效管理体系。内部审计是高校治理的重要工具，应当在推动全面预算绩效管理体系发挥促进作用。高校的主要业务活动包括教学、科研、社会服务和文化传承等，具有专业性、周期性和复杂性等特点;高校的管理活动普遍实施校院(或院系)两级管理，具有层次性和多样性等特点。高校内部审计机构实施绩效审计时,应根据高校业务活动、经济活动和管理层级特点，分解和细化绩效审计目标，建立分层次、有针对性的审计目标体系，以契合高校内部治理和教育事业发展的特点，为高校绩效管理建设聚力增效,具体可分为以下三个层次。
第一个层次是对部门的绩效审计目标。高校内设的二级管理部门包括学院(系)等教学科研部门、图书馆等教辅部门和后勤等管理保障部门。这些部门既是高校内部依法履职的组织单位，又是高校绩效审计的实体对象。对于部门的绩效审计应以评价部门的整体绩效为审计目标，突出整体性、全面性。将部门的预算收支全面纳人绩效审计范围,从运行成本、管理效率、履职效能、可持续发展能力、服务对象满意度等方面实施部门整体预算绩效审计。具体为:首先,对于院系的整体绩效审计评价，应结合学校发展整体规划和院系发展具体规划,结合学校对院系经济资源、人力资源的投人，分析院系收人和支出结构、产出数量和产生的效益，从院系的增收节支能力、管理效率、重点学科和新兴学科建设发展水平师资队伍建设水平和在校生满意度水平、毕业生发展水平等方面进行整体绩效评价。评价中长期规划目标的实现程度，不仅关注经济收支,还要关注师资队伍结构、人才培养质量、科研创新水平等业务情况。其次,对于图书馆、网络信息中心等教辅部门，应结合学校发展的整体规划，从部门履职服务特点出发，利用数量指标、质量指标、时效指标、成本指标等，对照预算计划标准、历史标准、行业标准或标杆管理标准，从成本产出率、图书资源使用率、网络设备使用率、信息化集成率、师生满意度等方面进行绩效评价。最后,对于后勤等管理保障部广门的整体评价，应以成本控制为重点，以精细化服务为导向，细化成本核算单位，从成本节约率、管理效率、安全保障程度、 管理措施执行程度、服务对象满意度等方面进行绩效评价。
部门整体绩效审计应当以中长期为评价周期。在具体选择时，既可以根据教育部文件按五年为一个周期，也可以按部门主要负责人任职期间为一个周期进行评价。在审计方式上,可以在专项绩效审计或者结合领导干部经济责任审计开展。
第二个层次是对项目的绩效审计目标。鉴于高校预算管理的需要,对特定的经济事项实施项目化管理。项目资金专款专用，有明确的实施效果要求。对于实施项目化管理的高校改善基本办学条件专项高校教学教育改革专项、高校基本科研业务费专项、“双一流”建设引导专项等财政预算项目以及学校校内实施专项管理的非财政预算项目，应以评价项目的实施绩效为审计目标。在审计时，对照预算项目申报文书确立的绩效目标和具体指标,考虑经济效益、社会效益、生态效益等,对项目实施的预算执行率、投人产出率、绩效目标实现程度、服务对象满意度等方面进行审计评价。还可以从绩效评价的结果倒推绩效目标和绩效指标的合理性、可衡量性、可操作性，以及项目负责部门进行项目自评的客观性、可靠性，促进预算绩效管理水平的提高。在审计方式.上，可以在专项绩效审计或者结合预算执行审计开展。
第三个层次是对具体活动和事项绩效审计目标。高校开展的大学生就业引导、科技成果转化，重大仪器设备共享、大学科技园管理等工作,既是落实国家有关政策要求的具体措施，又是教学科研管理的重要环节，应当纳入绩效审计范围。由于这些活动与事项往往不是由某个管理部门或院系独自承担，是由多个管理部门协同管理、相关院系共同参与的工作,所以对于某个活动和事项的绩效审计，不能以具体部门]或项目为评价载体，应按活动和事项的“启动一实施一管理一成效”的线条进行全过程审计，以评价其管理绩效为审计目标。评价活动和事项的绩效应以管理机制的健全和管理实施的效率为重点，从活动和事项组织管理的协同程度、实施效率、资源投人效率、信息共享程度、差错率、服务对象满意度等方面进行评价。在审计方式上，可以在专项绩效审计或者结合预算执行审计、内部控制审计开展。
以上三个层次的绩效审计目标，既符合对于全方位、全过程、全覆盖的预算绩效管理体系要求，又能体现高校内部管理的要求,并且与具体审计方式相契合，有助于配置审计资源，提高审计效率，增强审计效果。
